Atualmente duas disciplinas obrigatórias são exigidas para o Mestrado e Doutorado Direto, propiciando uma visão unificada do sistema. As duas disciplinas objetivam caracterizar o programa através do binômio quantidade-qualidade, envolvendo aspectos distintos, porém intimamente relacionados quanto ao planejamento do uso e controle das águas. As disciplinas oferecidas na área de concentração em Engenharia Hidráulica e Saneamento estão listadas a seguir. O programa de cada disciplina e a bibliografia básica poderão ser consultados no endereço eletrônico.
O Programa de Pós-Graduação em Engenharia Hidráulica e Saneamento. Desde 2003, o programa vem recebendo nota máxima da CAPES (7).